SMP Santo Yoseph sebagai salah satu sekolah yang berciri khas ajaran Katholik, selain secara rutin mengadakan kegiatan Misa dan perayaan hari besar umat Katholik. Salah satunya mengadakan Misa Rabu Abu (5 Maret 2014) yang ditandai dengan pemberian abu di dahi sebagai tanda pertobatan dan memasuki masa prapaskah yaitu masa berpantang dan berpuasa yang juga dilanjutkan dengan kegiatan Jalan Salib setiap hari Jumat yang dilaksanakan oleh semua unit baik TK, SD, SMP maupun SMA.